12 августа 2016 г. в рамках торжеств, приуроченных к 72-й годовщине образования Костромской области, состоялось праздничное открытие нового музейного здания по адресу ул. Дзержинского, д.9. В церемонии открытия принял участие губернатор Сергей Константинович Ситников и первые лица города и области.

Открытие музея стало одним из наиболее значимых событий в культурной, научной и общественной жизни региона, т.к. до настоящего времени областной центр не располагал специализированным музеем, посвященным истории Костромского края и г. Костромы с древнейших времен до современности. Проект реставрации памятника архитектуры «Усадьба губернатора, кон. XVIII – сер. XIX в.», в котором располагается новый музей, был разработан специалистами проектно-изыскательского отдела ОГБУ «Наследие».

Одним из самых интересных, и вместе с тем слабоизученных периодов истории края является его древность, изучение которой напрямую связано с проведением научных археологических работ. Средневековой истории центра г. Костромы, реконструируемой по материалам раскопок на территории Красных рядов 2013-2016 гг., был посвящен отдельный экспозиционный стенд.